感染人体的原虫分为腔道（消化道、呼吸道、泌尿生殖道）以及血液、组织寄生原虫。寄生在人体肠道的原虫包括两大类：一类为非致病性的，如迪斯帕内阿米巴、结肠内阿米巴、哈氏内阿米巴、波列基内阿米巴、布氏嗜碘阿米巴、迈氏唇鞭毛虫、脆弱双核阿米巴、人毛滴虫；另一类为致病性的，如溶组织内阿米巴、蓝氏贾第鞭毛虫、结肠小袋纤毛虫。

    此外，寄生在人体肠道内的原虫还有致病性孢子虫。包括微小隐孢子虫、卡耶圆孢子虫、贝氏等孢球虫，以及微孢子虫门的种类，有些虫还可以寄生在组织内。寄生在泌尿生殖道的原虫主要是阴道毛滴虫。

    在我国，寄生在人体血液和组织内的原虫包括疟原虫、刚地弓形虫、杜氏利什曼原虫、耶氏肺孢子虫等。

    粪便中发现非致病性种类寄生原虫的重要性，在于说明这些生物是通过粪-口途径传播，也提示患者肠道内可能有致病性病原体存在。

    肠道内的阿米巴以及鞭毛虫中的蓝氏贾第鞭毛虫和迈氏唇鞭毛虫一般都有包囊期和滋养体期，而脆弱双核阿米巴、人毛滴虫以及泌尿生殖道寄生的阴道毛滴虫仅有滋养体期，无包囊期。球虫都有卵囊从粪便中排出，而微孢子虫则从粪便、尿液以及其他体液中排出有感染性的孢子。